91年，四川建昌发生叛，明皇命蓝玉讨伐，临行前，明皇面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说三次，竟无一人动，然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了影。这使明皇下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结束时，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，明皇随即令人将其拿下，并由吏审讯。当吏尚书詹徽令蓝玉招同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党！”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪呆，不再审了。三天后，明皇将蓝玉杀死，尔后，就是大规模的清洗和株连。胡、蓝两案，前后共杀四万人。

对于明皇的滥杀，皇太朱标表反对，曾谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时明皇没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是明皇说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再给你，难不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而朱标却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”明皇大怒，拿起椅就扔向太，朱标只好赶逃走。

由于明皇是开国皇帝，明初皇帝的力量较大，到了明朝中后期则文官的力量变的大起来。明皇利用特务机构，派大量名为“检校”的特务人员，遍布朝野，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，明皇问宋濂昨天在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。明皇听后满意地说：“果未骗朕。”著名儒士钱宰被征参编《孟节文》，一日散朝回家，随诗：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何日得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”结果第二天上朝，明皇便问钱宰：“昨天的诗不错，不过朕没有‘嫌’迟，改作‘忧’字，如何？”钱宰一听，吓得忙磕请罪。

1382年，于监控官员的需要，明皇将辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥、、刺心等酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工尚书薛禄就是这样被活活打死的。

在地方上，在各府县的重要地方，明皇还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘伪。1370年，明皇下令设科取士，士人参与科举考试必须通过三场的考试，不过写法或偶或散，无定规。某些野史记载，明皇生贫寒，并且早年过和尚，所以十分忌讳“光”、“秃”等字，就连“僧”也不喜，甚至连和“僧”读音差不多的“生”也同样厌恶；他曾参加过红巾军，因此不喜别人说“贼”、“寇”，连和贼读音相近的“则”也厌恶。但经过现代学者考证，此类记载多为不实。明皇从未忌讳谈及自己曾为和尚，《大明皇陵碑》及明太祖御笔诗文等都大谈少年时和尚的事迹。野史称明皇忌讳“光”“秃”“僧”“生”等字，缺乏一定的可信度。

以上关于“文字狱”的记录，不见于《明史》《明实录》等较正式的史书。经王瑜、陈学霖等历史学家考证，大多为不实记载。

如上文提到的徐一夔，在野史中记载为明皇所杀。但是据《杭府志。职官表》和《杭州府志。古今守令表》，徐一夔直至建文二年仍然在世；徐一夔所写的《故文林郎湖广房县知县齐公墓志铭》，其日期为建文元年。因此“明皇因文字而杀徐一夔”为误。