因为基因变异，小说的男主人公henry（亨利）获得了时间旅行的能力，但什么时候前往另一个时空，他本人并不能控制。这种特异功能给他带来了不小的麻烦和痛苦：不能开车，因为他随时可能从驾驶座中消失；也不能搭乘飞机，因为当他从时间旅行中返回时，飞机已经不在原处。他无数次被带回母亲出车祸的那天，从不同的角度目睹母亲的惨死。妻子re（克莱尔）的生活也受到了影响：有时走进厨房，发现丈夫的衣服堆在地上，人已不知去向；有时浑身赤裸的丈夫呻吟着出现在花园里，头上流着血。henry时常在半夜消失，早晨返回，然后告诉re他夜里去了何时何地，就像别的丈夫告诉妻子昨天晚上做了什么梦。这种超常能力甚至影响到了下一代，re腹中的胎儿遗传了父亲的变异，总是旅行到子宫外面，re为此频频流产。时间旅行也有好的一面，henry能够和re结识相爱，就是拜这种神奇的能力所赐。re六岁时，三十六岁的henry穿过时间来到她面前，告诉她自己就是她未来的丈夫。从那以后，henry频频穿越时空来和逐渐成长的re相会，直到十九岁的re遇见和她处于同一时间的henry；两人恋爱、结婚、共同孕育下一代，又共同经历生离死别。本书的每一章都根据henry和re两个人的视角，由第一人称写成。

虽然书名里有〃时间旅行〃，但书中的科幻成分并不重。不少购买此书的科幻迷抱怨这不是纯正的科幻小说，确实有他们的道理。涉及时间旅行的科幻小说免不了要回答〃时间旅行何以可能〃的问题，但niffengegger女士并没有搬出相对论，她只是让主角henry得了一种叫chrono…discementdisorder（时间错位症）的病，以此解释他的神奇能力。此外，时间旅行者在另一个时空的作为可能有多种后果：可能像《雷霆万钧》中一样改变历史令现在面目全非；也可能像《回到未来》中一样创造一个全新的可能世界。在《时间旅行者之妻》中，作者的设定是：过去和未来都是既定事实，不可改变。而对于这一左右故事进程的重要设定，niffengegger女士也没有给出解释；她在一次访谈中承认，自己一开始就没想写科幻小说。《出版任周刊》对这本书的评论时；与其说是幻想小说，这更像一个爱情故事。说这本书是披着科幻外衣的言情小说，并不为过。

无论是否严谨，科幻元素的加入使书种叙述的爱情显得与众不同。re六岁时认识了来自未来的三十六岁的henry，而与他同时代的十四岁的henry这时候还不知道re的存在。在re的整个少女时代，henry频频来访，到二十八岁的henry第一次见到十九岁的re时，re已经对他了如指掌。在这段婚恋中，妻子认识丈夫要早于丈夫认识妻子。苛刻的读者可能觉得两人之间的爱情并不是自然发生的纯洁爱情。的确，henry在时间旅行中反复告诉年幼的re：我就是命中注定的未来丈夫；而re在同时代的henry第一次见到她时就告诉他：你是我命中注定的未来丈夫。从某种意义上说，这两个人都在竭力给予对方暗示，甚至操纵对方的情绪。但另一方面，两人的爱情比起平凡的婚恋又显得更有激情；henry频繁消失，又在出乎意料的时刻出现，re总是像迎接远航归人一般迎接henry。在谈到两人爱情的特殊性时，niffengegger女士说：这两个人都在不断地失去对方，他们不像一般的夫妻那样，对婚姻慢慢失去新鲜感；他们总是活在当下。

小说最触动人心的部分当属henry和re的离别：根据re的记忆，1990年，henry在一次时间旅行中被猎手误

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